2024年初，美国多个州的奶牛中出现了H5N1高致病性禽流感病毒（HPAIV）进化枝2.3.4.4b，这标志着该病毒的宿主范围和流行病学特征发生了重大变化。传统上仅限于鸟类，目前在牛（一种以前不被认为易受伤害的哺乳动物宿主）中检测到H5N1病毒，引起了动物和人类对人畜共患病和哺乳动物适应的迫切关注。我们评估了使用市售巴氏杀菌牛奶作为前哨基质进行H5N1 HPAIV分子检测和遗传表征的可行性。我们的目的是确定零售牛奶是否可以作为病毒学监测的实用工具，并评估使用全长基因组片段扩增从这个高度处理的基质中提取基因组序列信息。我们的结果将商店购买的牛奶中的HPAIV序列与牛爆发联系起来，并强调零售牛奶作为监测窗口的潜力和局限性。总之，这些发现提供了证据，表明可以在零售牛奶中以与特定供应链相关的模式反复检测到甲型流感病毒RNA，基因组数据证实了与牛中传播的病毒的密切关系。