新出现或“重新出现”的流感病毒已被视为对人类公共卫生的巨大全球威胁。然而，很少有关于猪和家禽新出现的流感病毒导致人类死亡的报告。在这里，我们描述了由猪H3N2和人类H7N9病毒产生的新型H3N2重组病毒引起的致命脑炎的临床和病毒学特征。2022年8月，中国宜兴一名7岁男孩被诊断为急性脑炎。胸部计算机断层扫描（CT）显示轻度肺炎。脑CT显示急性脑炎伴有脑实质肿胀。血液学检查显示乳酸脱氢酶、丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、肌酸激酶和细胞因子显着升高。病原学分析证实，一种新型H3N2病毒（a/Yixing/805/2022，YX805）是该病例的罪魁祸首。系统发育分析表明，表面蛋白编码基因起源于猪源H3N2病毒，而内部蛋白编码基因来源于人源H7N9病毒。这种病毒比这些基因相关的H7N9病毒引发更强的细胞因子风暴，并且对神经氨酸酶抑制剂具有天然抗性。YX805病毒对小鼠具有高度致病性。我们的研究强调了迫切需要通过全基因组测序加强猪流感病毒和禽流感病毒之间重组事件的流行病学调查。