背景
从1918年到1920年，迄今为止已知的最大规模的甲型流感病毒（IAV）大流行在全球范围内传播，造成2000万至1亿人死亡。历史记录捕捉到了疾病动态的关键方面，如大流行浪潮的发生和严重程度。然而，其他重要信息，如允许病毒适应新宿主的突变，只能从IAV基因组中获得。对疫情期间收集并仍保存在历史病理学收藏中的标本进行分析，可以大大有助于更好地了解其过程。然而，需要有效的RNA处理方案来处理此类标本。
结果
在这里，我们描述了一种有效的古代RNA测序的替代方案，并评估了其在历史样本上的性能，包括已发表的阳性对照。无酚/氯仿方案有效地恢复了古老的病毒RNA，特别是小片段，并通过基于连接的方法结合片段来保持RNA片段方向性的信息。其中一个评估的历史样本允许从瑞士恢复第一个1918年的IAV基因组。该基因组来源于瑞士第一波疫情初期死亡的患者，已经包含与人类适应相关的突变。
结论
我们介绍了一种从福尔马林固定的湿标本中回收古RNA的替代高效工作流程。我们还展示了来自欧洲的第一个精确测定日期和完整的流感基因组，强调了1918年欧洲疫情第一波期间与人类适应相关的突变的早期发生。