具有H5血凝素（HA）基因（分支2.3.4.4b）的高致病性禽流感（HPAI）病毒正在野生鸟类中引起持续的全动物流行病。这些病毒的传播与多种哺乳动物的溢出感染有关，包括美国奶牛前所未有的大规模爆发。由于对奶牛群的检测有限，对基因组监测的需求尚未得到满足。受感染的牛可以在牛奶中排出大量高致病性禽流感H5N1病毒，从而可以在巴氏消毒的零售乳制品样本中检测到。在中西部一个城市的两个月采样期内，我们获得了20个不同州加工的乳制品。在这里，我们证明了拼接扩增子测序方法从13个病毒RNA阳性样本中的5个样本中产生了超过90%的基因组覆盖率，深度超过20倍。零售乳制品的RT-qPCR检测和测序相结合，可以成为应对牛禽流感爆发的“一个健康”框架的有用组成部分。